1949年10月17日，人民解放军解放厦门。在中共厦门市委、市人民政府和军事部门的领导下，厦门市人民防空事业，开始进入新时期。

　　1950年3月15日，厦门市防空委员会成立，办事机构设在市公安局。

　　1969年10月成立市人民防空领导小组。

　　1979年10月19日，根据国务院、中央军委《关于各级人民防空领导小组及其办事机构和有关部门的主要任务及体制编制的规定》，厦门市人民防空领导小组办公室改称厦门市人民防空办公室，归政法口。

　　1981年8月30日，根据中共中央、国务院、中央军委《关于调整各级人民防空组织体制有关问题的通知》，恢复了人民防空委员会，于1982年11月15日正式启用“厦门市人民防空委员会”新印章。

　　1989年8月，根据厦府[1989]综288号文，厦门市人民防空办公室更名为厦门市民防办公室。

　　1996年，厦门市国防动员委员会成立，市人防委员会自然撤销。

　　2002年9月，根据厦委办发[2002]108号文，明确厦门市人民防空办公室是市国防动员委员会常设办事机构，同时又是市政府人民防空工作主管部门，为一级机构。

　　2012年1月，在新一轮机构改革中，根据厦委办发[2012]25号文，厦门市人民防空办公室加挂“厦门市民防局”牌子，为市人民政府工作部门，副厅级。

　　2014年9月,根据《关于印发<厦门市人民政府职能转变和机构改革的实施意见>的通知》（厦委发[2014]11号）设立厦门市人民防空办公室，副厅级。

　　2019年2月，根据《关于印发<厦门市市级机构改革实施方案>的通知》（厦委办发[2019]4号）设立厦门市人民防空办公室（加挂市民防局牌子）。